Insgesamt gibt es fünf Fakultäten – Kulturwissenschaften, Wirtschaftswissenschaften, Naturwissenschaften, Maschinenbau sowie Elektrotechnik, Informatik und Mathematik. Mit zehn Instituten und einer Kooperation im Bereich Musik zwischen Detmold und Paderborn ist die Fakultät für Kulturwissenschaften die größte der Universität Paderborn.